Destinyの歴史はグリモアやフレーバーテキストなどの散在した不整合の多い情報から作られています。そのため、正確さには問題があります。
リーフにある囚人収容施設「エルダーズ・プリズン」で囚人の脱獄事件が発生し、この事件の中で脱獄の手引きをした主犯「ユルドレン・ソヴ」によってケイド6が殺害されてしまう。 主人公はケイドの仇を討つため単身ユルドレンを追い、仇討ちを果たすが、その中でアウォークンの生誕の地である「夢見る都市」の異変に遭遇する。 異変の原因はアハンカーラ(願望を叶える生物)の最後の生き残り、夢見る都市を建造した「リベン」が、オリックスに宿りで汚染されたことだった。 ガーディアン達は協力してリベンを倒すことに成功するが、リベンの「最後の望み」により、夢見る都市は「三週間ごとに同じ事象が繰り返される」呪いを受ける。 そして、始まりであるユルドレンの蛮行含め、これらの全てはサバスンの策略であることが後に判明し、サバスンは膨大な虫の餌(死)を手に入れた。
黄金時代の武器工房「ブラックアーマリー」の生き残りにして管理者であるエイダ-1がタワーに訪れる。 最初はガーディアンを毛嫌いする彼女だったが、主人公達が失われたブラックアーマリーの炉と彼女の記憶を取り戻していくことで徐々に信頼するようになる。 エルダーズプリズンから逃走したシビクス一派が、ブラックアーマリーの黄金時代の武器を狙って武器庫を襲撃する事件が起こるが、ガーディアンに阻止された。
ザヴァラは放浪者が持つ宿りを操る力を「シティ防衛に役立つ」と黙認したが、暗黒の力の排除を絶対とするファクション・プラクシック機関の代表「オノール」が異議を唱え、放浪者のシティ追放を求めた。 バンガードと機関との交渉の結果、周囲への影響を最小限にし、かつ、監視をしやすくするために放浪者に別館のスペースを貸し出すことを許可した。 ここでオノールは放浪者と親しい者(主人公)に、放浪者との関係はそのままに、彼の行動を監視するというスパイ行為を要請した。 主人公はプライムギャンビットに興じる一方で、放浪者の船に接続された「ナイン」からの贈り物=デレリクトの内部で、ナインの使者の過去と放浪者の過去について知る。 最終的に放浪者が暗黒の信奉者どころか、その敵対者(光であれ暗黒であれ盲信する者を嫌う)と分かり、オノールは放浪者と和解した。
カルス皇帝は主人公を精鋭部隊「影」に引き入れるため、試練と栄光の広間(財宝)を与え積極的な勧誘を試みた。 だが、その最中にカルス皇帝がサバスン配下から奪った「悲哀の冠」に仕掛けられた罠が発動、ハイヴに侵略され主人公が鎮圧に駆り出される。
ピラミッドが月の地下で発見され、月を中心に太陽系各地にナイトメアと呼ばれる恐怖を具現化した存在が現れる。 そのピラミッドの力を用いて月のハイヴが勢力を再建しようとしていることが判明し主人公が阻止。 ピラミッドは主人公に接触し「光は弱さと敗北しかもたらさず何も救えない。私は救済者だ」と伝えブラックガーデンの最深部に導き自分たちとベックスの関係を明かす。
ピラミッドの活性化に呼応しブラックガーデンを守護するアンダイイングマインドが復活、倒しても倒しても並行世界から召喚される厄介な事態に陥る。 イコラは「並行世界からアンダイイングマインドを引きずり出し、全て破壊する」を提案、ガーディアン総出で全てのアンダイイングマインドを破壊する。
かつてオシリスは無限の森を捜索する装置「サンダイアル」を作り、セイント14を蘇らせようとしたが失敗し装置は放置された。 それをレッドリージョン残党が手に入れ歴史改竄(カバル大戦の結果の変更)を試みた。主人公はそれを阻止し、さらに過去のセイント14を発見し救出に成功する。
その時無限の森の深部で主人公の葬儀に出くわす。これは起こりうる未来なのか、並行宇宙での出来事なのか。
レッドリージョン残党は超大型兵器オールマイティの軌道をシティに向け推進装置を破壊した。 これを止めるためラスプーチンの防衛衛星を打ち上げその防衛ネットワークを強化しオールマイティ迎撃に成功した。 この行動がきっかけでザヴァラ司令官はラスプーチンに対する考えを改め、共に戦う仲間として受け入れる事となった。 シーズンの終わりに熾天使の塹壕のモニターに暗黒の艦隊が表示された。
黒い艦隊(ピラミッド)が太陽系に接近し、ラスプーチンが迎撃を試みたが反撃され大破した。 トラベラーが作ったと言われる「銀の翼の木*1」を通じピラミッドが人類に語りかけ、人類に敵意がないこと、ガーディアンに好感を持っていること、トラベラーの加護を人類の弱体化・束縛・孤立だと考えていること、『捕食者』が迫っていることなどを伝えた。 その過程で、サバスンが甥のノクリスを使い対話を妨害しようとしたが、失敗しノクリスは戦死した。
黒い艦隊到着時に様々な変化が起きた。
主人公は暗黒(ピラミッド)の「エウロパで待っている」という呼び掛けに応じて、エウロパに降り立つ。 そこで、トラベラー(光)を憎み、暗黒の力を崇拝するフォールン・ハウス「ハウス・オブ・サルベーション」と対峙する。 暗黒の力=ステイシスを利用する暗黒のケル「エラミス」の野望を止めるための戦いの中で、主人公自身もステイシスの力を理解し、行使できるようになる。 最終的に主人公たちはエラミスに勝利し、ハウスは壊滅状態となった。
しかし、サルベーションの残党がエウロパにあるエクソ研究施設 ディープストーン・クリプトを占拠して力を得ようとし、施設は機密保持のために自爆を開始。主人公が両方を阻止した。
ゴーストに見出されたユルドレンはガーディアン・クロウとして蘇ったが、ガーディアン化の影響で記憶を失い彷徨っていた所をスパイダーに拾われ、彼の下で働いていた。 月でクロウは、ハイヴの戦神シヴ・アラスの配下ラスボーンに敗れ光を失ったオシリスを救出。 その後は主人公やオシリスと協力しラスボーンの上級司祭を討伐した。 主人公はラスボーン排除の報酬としてクロウの身柄を貰い受け、オシリスはバンガード参謀となりクロウを極秘に保護した。
クロウは光の鷹の夢に導かれホークムーンを授かるなど、トラベラーから別格の扱いを受けているようだ。
カバルはサバスンの計略でシヴ・アラスに侵攻され母星トロバトルを失った。その難民船団が太陽系に現れ、女帝カイアトルはバンガードにカバルによる支配的な共闘を提案した。 交渉は決裂し一時戦闘状態になったが、オシリスの提案・カイアトルの戦闘回避の意志もあり、カバル伝統に則った決闘で和解し対等な停戦協定を結んだ。
停戦調停の場でザヴァラ暗殺を試みたサイオンがいた。その犯人の1人はその場でカイアトルが叩き伏せたものの、もう1人は逃走した。 またカルス皇帝の船が発見された。無人となっていたが暗黒との対話を実験した痕跡があった。
シティがベックスネットワークに侵食され永遠の夜に閉ざされた。オシリスの提案でバンガードはフォールン、ハウス・オブ・ライトと協力しこれに対処、 背後にサバスンがいると突き止め、サバスンが宿られた兵とベックスを操るため使っている手段(宿られたハイドラ・キュリア)の破壊に成功した。 しかし人類とフォールンの敵対は根深く、過去の遺恨を知るFWC(ファクション)代表のラクシュミIIが協力に強く反発、シティ住民を煽動しさらにオシリスから教わった「安全な」ベックスゲート技術を使ってフォールン追放を試みた。 …がゲートからベックスが出現しラクシュミを殺害、オシリスは破壊工作の嫌疑がかけられ逃走、事件の首謀者が死んだ事でFWCは壊滅、バンガードのあり方に反対していたファクション(デッドオービットとニューモナーキー)は安住の地を求めシティから消え去った。
斬獲のシーズンから今シーズンまで、オシリスはずっとサバスンが化けていたと判明した(そしてフォールン・カバル・人類の結束を促す一方で、キュリア破壊に反対、カルスの船からの悲哀の冠の回収を提案するなどしていた)。 サバスンはオシリス返還の条件として虫の除去(虫による支配からの脱却)を望み、リーフの女王マラ・ソヴは除去への協力をしつつ虫を失った瞬間に抹殺すること企んだ。 一方クロウは自分を救ってくれたオシリスが謀略の神サバスンであったことに困惑、更にサバスンがクロウに生前ユルドレン・ソヴとして生きていた頃の記憶(ケイド殺害等)を与えたため、クロウはさらなる混乱に陥る。 最終的に、シヴ・アラスの妨害を退けてサバスンから虫を除去することに成功するも、儀式が終了した瞬間にサバスンは逃亡する。唯一、オシリスの返還という約束だけは守られる。
「到来のシーズン」の終わりに消滅した火星が突如姿を現し、その上空にサバスンの玉座の世界が現れた。 サバスン配下のルーセント・ハイヴが光の力を得ていることが分かり、主人公とイコラは「盗まれた光」の調査に向かった。 その玉座の世界は暗黒の力の一面「過去の記憶を見る力(ディープサイト)」を顕現させており、 そこで手に入れたレリックを通じてサバスンがどの様にして光の力を手に入れたのかを調べ上げた。
しかし、その調査を行う事それ自体がサバスンの策略だった。サバスンはトラベラーに尽くして命を落としガーディアンとして蘇ったことで記憶を失っていた。 主人公がサバスンの過去を調べたことでサバスンは記憶を取り戻し、トラベラーを自分の玉座の世界に封じ込める儀式を始めた。 主人公はサバスンに「暗黒が、ハイヴが光の眷属となる前に暗黒を受け入れるよう虫を通じて騙していた」という隠された真実を突きつけたが、サバスンをこれを受け入れず、主人公に討ち取られそのゴースト「イマル」は逃走した。 儀式も失敗しトラベラーはタワー上空に戻ったが、トラベラーがサバスンの儀式による暗黒からの保護を受け入れようとしたのか、人類に代わるガーディアンとしてハイヴを選んだのか、その真意は解らないままとなった。 いずれにせよ光は人類だけの絶対の味方ではないことを知らしめることなった。
そして、宿られた軍、ハイヴの戦神シヴ・アラス、失踪したカバル皇帝カルス、再び統率されたスコーン軍の背後にいる謎の存在『目撃者』が動き始めた。
バンガードとカバルは選士のシーズンで結んだ協定により、サバスンの配下であるルーセント・ハイヴの計画の阻止のため協力することとなった。 これにより執られた作戦とは、カバルが持つ光の抑制技術と精神干渉を行うサイオニック能力によって、ルーセント・ハイヴを捕らえ、その精神からハイヴの計画の情報を得るというものだった。 サバスンがオシリスに化けてバンガードに侵入して精神干渉を行っていた経緯もあったため、バンガードも精神を操る作戦を容認するが、新たにバンガードの偵察員となったクロウはこの作戦を受け入れられずにいた。 クロウは敵とは言え精神を捻じ曲げる行為を受け入れられず、バンガードを非難するが、サラディン卿は「慈悲とは犠牲の上に成り立つものではない」とクロウを𠮟責する。 そのような中、作戦の終盤において事件が起こる。 クロウはカバル帝国から派遣されたサイオンとルーセント・ハイヴの精神を繋ぐ装置を強制的に停止してしまい、その結果、派遣されたサイオンが死亡してしまった。 カバルの女帝「カイアトル」はクロウの行いに責任を取らせようとするが、そこにサラディン卿が割って入り、サラディン卿がカバル帝国に身を捧げることでクロウの責任を代わりに受ける事となった。 サラディン卿は「ブラカス・フォージ」(後に昇進して「バルス・フォージ」)となり、バンガードとカバル帝国の協力関係は維持され、クロウも自身の行いを反省した。
また、カイアトルからの要請により火星に集結したカバルが謎の通信を行っているのを阻止することとなった。 行っていた通信の履歴からは、リヴァイアサンのカルス皇帝と暗黒が繋がっている事を示唆する内容が読み取れた。
行方不明となっていたカルス皇帝と彼の母艦リヴァイアサンが再び姿を表し、月のピラミッドへの干渉を始めた。 ナイトメアは本来ピラミッドへの接近を拒む防衛装置であり月から離れないはずであるが、リヴァイアサンに大量のナイトメアが現れるという異常事態が起こった。 その目的は不明だが、対ハイヴの専門家エリス・モーンはリヴァイアサンとピラミッドの繋がりを断ち干渉を止めるため悲哀の冠を用いハイヴの儀式を執り行う。 その儀式は己のナイトメア=心の弱点と向き合いナイトメアを浄化するものだった。 クロウ・ザヴァラ・カイアトルはそれぞれが己の弱点から生まれたナイトメアと向き合い、弱点を認め受け入れることでそれを克服し新たな力とした。 そして浄化されたナイトメアたちの協力を得てリヴァイアサン深部でカルス皇帝を打ち倒すことに成功した。 …がカルス皇帝は死んでおらず主人公にメッセージを送ってきた。それどころか妨害工作にほぼ無反応であったことから彼は望んだ成果を得た可能性すらある。
目撃者がエラミスを蘇らせ、何かを探させようとしている。 主人公はスパイダーから脅し盗…借りたケッチを使い、エラミスを阻止するため彼女の手下を襲って情報を奪い暗黒のアーティファクト「ネザレクの聖櫃」を全て横取りした。 そして聖櫃から取り出した「純粋な原初の暗黒」で意識不明となっていたオシリスが目覚めた。オシリスはサバスンに囚われている間にサヴァスンの記憶を覗いており海王星に何かがあると主張する。 一方でエラミスはミスラックスの娘エイドの融和的な姿勢を見て対話に応じたり、身を挺してエイドを守ろうとしたりと、トラベラーに与する者を拒絶し敵視する態度にゆらぎが見えた。
意識を取り戻したオシリスは「海王星に力が隠されている」と言うサバスンの記憶を盗み見ていた。 その情報を得るため、アナとエルシーは設計者であるクロビスの協力を得てラスプーチン復元を試みるが、 修復の進んだラスプーチンはクロビスの邪悪な企み(トラベラーを破壊し自分が神になる)をアナとエルシーに明かしクロビスを追い出す。
ラスプーチンの復元は進むが、それと同時に目撃者の手先であるシヴ・アラスとエラミスによる防衛ネットワーク奪取も進む。 「戦争するほど強くなる」シヴ・アラスへの防衛ネットワークでの迎撃は逆効果であり、防衛ネットワークを奪われれば人類は滅ぶ。 「自分は人類のリスクにしかならない」と思い悩んだラスプーチンは、防衛ネットワークもろとも自滅することを決断する。
物語の終盤、トラベラーが移動を開始→それをエラミスが逃走と判断し防衛ネットワークを支配する事でトラベラーに忌まわしき指令を実行→トラベラーは破壊され人類は莫大な被害を被る→そしてその戦争によってシヴ・アラスは強大な力を得る…といった流れが生まれかけた。 実際、暗黒の動きを察知したトラベラーが移動を開始し、それに対しエラミスが実行した「忌まわしき指令」によってトラベラーの離脱を防ぐ為に軍事衛星がトラベラーに対し発砲寸前まで行ったものの、ラスプーチンの自滅でそれらは停止し、シヴ・アラスの軍勢も引く事となった。 ラスプーチンはガーディアンに残した遺言で海王星に「トラベラーに関連する因果超越したもの『ベイル』がある」と伝えオシリスにその詳細を残した。
結果としてトラベラーは高度を上げシティを離れ地球からは離脱しなかったが理由は分からず、人類はトラベラーに行動に対する不安や終焉への恐怖を抱いた。 この行動を目撃者は「逃げる場所などないからだ*2」と解釈しているが、ザヴァラは「(目撃者との)対決のため移動した*3」と解釈し、意見が割れている。
ついに目撃者率いるピラミッドの艦隊がトラベラーへと到達した。 トラベラーが目撃者の接触を拒んだ時、目撃者は海王星のベイルのビジョンを見た。そして新たな門弟カルスにそれに対処するよう命じた。 海王星には黄金時代の移民基地、目撃者に対抗しうる力、トラベラーに関連した因果超越力を持つ物体ベイルがある。 主人公とオシリスはカルスを追って海王星に向かい、大都市ネオムナとベイルが作る暗黒の力場ストランドを発見した。
主人公とオシリスはネオムナの守護者クラウドストライダーのロハンとその弟子ニンバスに共闘を求めた。 だが、カルスのベイル破壊兵器ラジアルマストへの攻撃は失敗、ストランドもその負荷に耐えきれない、と窮地に陥る。 主人公は鍛錬を重ねクラウドストライダーに伝わる教え「川の流れに乗れ、川は己自身だ」からストランドの本質ー制御するのではなく制御を手放すーを悟り次第に使い熟せるようになる。 その力でラジアルマストに接近できたが、ロハンがラジアルマストを破壊するため命を落とす。 ラジアルマストを失い窮地に陥ったカルスは直接ベイルへと向かって進軍、主人公も女帝カイアトル率いるカバル軍と合流し両カバル軍が激突する。 ベイル前でカルスと主人公は対決し、ついにカルスを討ち滅ぼした。
だがその時目撃者が主人公のゴーストを操ってベイルとのつながりを作りトラベラーに接触、ピラミッドを使ってトラベラーの表面に三角のゲートを作った。 ベイルとネオムナを守ることは出来たものの、目撃者はその目的を果たし、目撃者が何をトラベラーにしたのか、ベイルの正体、ベイルとトラベラーの関係、など多くの謎が残された。
暗黒の艦隊を迎え撃つため出撃したアマンダ・ホリデイは戦闘機を撃墜され行方不明となった。 彼女の救難信号の発信源はピラミッド内部、影の軍団が地球で拉致した人々を集めている監獄だった。 拉致を知ったアウォークンの女王マラは主人公らに「女王の近衛」の称号を授け人々の救助を命じる。 マラの力を使って亜空間内にピラミッドの入口を作り、そこから主人公が突入して監獄から囚人たちを開放していった。
拉致した囚人を集めている基地が判明し、主人公・アマンダ・ミスラックスが救出に向かう。 だが、それは罠だった。 出口が閉まり時限爆弾が起動、アマンダは扉を開いてミスラックスと囚人を逃し犠牲となった。 アマンダと親しい仲だった者たちは彼女の死を悲しみ復讐を望む声もあったが、マラの説得もありアマンダは報復よりも人助けを望むと言う結論に至り、影の軍団の旗艦の襲撃を計画する。 本来亜空間の道(レイライン)は力ある者しか通れないが、規格外に強い力を持つ主人公であれば他の者も辿れるほど強い航跡を残す。 これを利用して旗艦への総攻撃が行われ、士官を殺し動力炉を破壊して艦を撃沈した。
暗黒の艦隊の到来時に消失した土星の衛星タイタンが突如復活し、衛星消失時に行方不明となったタイタンバンガード副司令官スロアンも生き残っていた。 衛星タイタンはシヴ・アラスの攻撃を受けていたが、スロアンは深海でワーム(ハイヴの虫の神が暗黒を得て変貌する前の種族)の「アーサ(Ahsa)」に救われ、自ら体の一部を宿りで汚染しアーサと対話し協力を得ることで生き残っていた。 そして、ナインが放浪者に与えた機械と暗黒(エグレゴア珊瑚)により具体的なアーサとの会話が可能となると目撃者の正体が明らかになる。
トラベラーが最初に恩恵を与えた種族は長年繁栄した。だがトラベラーは繁栄を与えても導かない。それに不満を持った彼らは大儀を求め始めた。 その後、彼らは宇宙の果てで暗黒の源「ベイル」を発見し、トラベラーとベイルを接近させ現実を再構築する力を得ようとした。 だがトラベラーはベイルとの接触を拒否して逃走。それにより、種族は衰退・滅亡した。 その後、種族の生き残りは達は暗黒の力で精神を一つに融合し「目撃者」となり、自らが考える宇宙の「最終形態」をもたらそうとしている。 アーサは目撃者に対抗する鍵が「サバスン」であるとし彼女から協力を得ることを提案する。
また、タイタンの深海ではルーセント・ハイヴが邪神オリックスの儀式を試みていてたが阻止された。
バンガードは目撃者を追う方法を求めサバスンのゴースト・イマルと取引をする。その交換条件はシヴ・アラス抹殺だった。
戦争から力を得るシヴを倒すには相当に大きな力が必要となる。エリス・モーンがハイヴの魔術で復讐を司るハイヴ神へと変貌、主人公が配下として敵を狩り主(エリス)の神性を高めることでシヴを滅するだけの力を得ようとした。 だが力を得ることは出来てもこれではシヴには到底及ばない… それを悟ったエリスは大博打に出る。エリスはイマルを脅迫してサバスンを蘇生させその場でサバスンを殺すことでその神性を奪い最強のハイヴ神となった。 周りはエリスが力の誘惑に敗れることを危惧していた…が敗れるどころかシヴと戦いすらせず、シヴとその玉座の世界の接続を断つため全ての力を使い果たした。 この奇策により、シヴ・アラスは新たな妹(ハイヴ神エリス)・戦争から力を得る機会・不死性を失い、エリスはハイヴ神から人間へと戻った。アイアット。
その影響でバンガードはサバスンに契約を守らせる手段を失い窮地に陥る。 しかし、サバスンはそれを承知で自ら進んで自身の最大の弱点であるイマルをバンガードに差し出し、さらに契約もいずれ果たすと宣言。バンガードはサバスンの行動の自由を黙認した。 その後サバスンが既に契約を果たした事が判明する。サバスンの羽にはアハンカーラの「願いの防壁」の模様が現れ、さらにガーディアンはアハンカーラの卵を発見・回収する。 アハンカーラは他者の願望を(歪んだ形で)叶える強大で危険な力を持ち、その幼体は災厄をもたらすと言う。
サバスンから入手した手がかりに基づき、バンガードはマラ女王と協力し、一度は討伐したアハンカーラ「リベン」を復活させる儀式を行うこととなった。 リベンは「最後の望み」で一度は討伐されハートストーンを封印されたが、魂は完全には消滅しておらず、テクナウィッチの儀式で魂だけの姿で蘇ることができた。 リベンの魂は弱体化しているものの、あと1回は願いを叶える力は残されていた。 そこでリベンは、自身の残されたアハンカーラの卵を全て回収すれば、願いを叶える取引を持ち掛ける。 バンガードとマラ女王は、アハンカーラが再び繫栄するリスクがあることを知りつつも、他に目撃者を追う方法がなかったため、この取引に応じることとなった。 その後、ガーディアン達は、ソル・ディバイシブ・ベックスの妨害を受けつつも、アハンカーラの卵を回収し続けた。 そして、回収する卵が終わりに近づいた時、リベンから最後の願いの叶え方の詳細が明かされる。 リベンが叶えるトラベラーのペイルハートに続く道は「一人しか通れない」というものであった。 マラ女王は激怒してリベンの魂を攻撃しそうになるが、オシリスがこれを制止。 オシリスはベイルの研究を続けており、その力を使うことで、一人が通れば、残った人々のためのドアを開けると考えた。 その話を聞いたクロウはガーディアンの代わりに、一人ペイルハートへ向かう要員に志願する。 クロウとマラはレイラインを通じて互いに繋がっており、この能力を使えば、クロウが通過すれば残りのガーディアンを送り込める。
そして、「第15番目の願い」を実行し、クロウは単身ペイルハートへの道へと飛び込んだ。 ペイルハートに到着したクロウは、そこで死んだはずのケイド6と再会した。
目撃者の言う「救済」とは宇宙から永遠に苦しみを取り除くことであり、最終形態(完成された不変で永遠な世界)こそが救済である。その実現手段として、トラベラーから奪った光と暗黒を用いようとしている。 その発動は目前だが目撃者を追撃する道を通れるのはせいぜい数人。そこで先導のクロウ、最強戦力である主人公・イコラ・ザヴァラが送り込まれる。 トラベラー内部・ペイルハートで待っていたのはかつてクロウが殺したはずの元ハンターバンガード、ケイドだった。
一同は合流したが、目撃者を止める手掛かりは謎の女性像が語った「暗黒に身を任せろ」と言う言葉だけ。皆が不信と危険性で躊躇する中、ザヴァラは自ら犠牲となり道を切り開く覚悟を決め、仲間の制止を振り切り目撃者の暗黒に接触した。 ザヴァラは目撃者の精神世界に入り目撃者の「離反者」からメッセージを受け取ったものの、目撃者に同化されかける。その時、ザヴァラのゴースト・タージが自らを犠牲にザヴァラを目撃者の精神から切り離した。
タージと引き換えに得たメッセージは「転変せし者は還元せり」。目撃者は暗黒を用い一種族が精神を融合し強大な力を持つ一人となった。ならば、光で目撃者を元に戻せば弱体化できる。 これを実証するため主人公は目撃者生誕の地で目撃者と接触、目撃者の暗黒に身を任せて精神世界に入り、トラベラーの光の剣で目撃者に囚われている離反者を解放した。 これで手傷を負わせることには成功したが、大部分のトラベラーの光は目撃者の手にある。僅かな光では倒しきれず、主人公達は反撃に激昂した目撃者からの逃走を余儀なくされる。
だが一矢報い、希望が見え、猶予ができた。ペイルハートに人類・カバル・エリクスニー・ルーセントハイヴの全戦力を結集させ、最終決戦に向けた三段階の作戦が展開される。 第一段はペイルハート内部で目撃者の手下を排除、囚われたゴーストとトラベラーの光を解放し目撃者を弱体化。 第二段は精鋭チームが潜入し目撃者と直接対峙、全てのトラベラーの光を解放。 第三段は全軍をあげ正面から敵を制圧、1つのファイアチームを目撃者の元に送り込み、トラベラーの全ての光をもって「転変せし者を還元する」。 全ての作戦は成功し目撃者は滅びた。だが同時に主人公のゴーストは力を使い果たし命を落とした。その最後の光の中にケイドが現れ、自分に与えられた仮初の命をゴーストに譲り渡し、ケイドは光へと還っていった。
シティでは永きに渡る戦いの終わりを祝い死者を弔い、クロウはケイドの遺言に従いハンターバンガードに就任した。 その一方で、目撃者の喪失により宇宙の力の均衡が崩れたことに加え、トラベラーから異常なエネルギーと3つの「残響」が放出され、さらなる異変を告げる前触れとなった。
トラベラーの放った「残響」の一つがネッススに墜落しベックスが異常な行動を始めた。 フェールセーフの協力で何者かがネッスス深部からベックスを操っていると判明したが、調査に赴いたセイント14が一時的に何者かに操られてしまう。 救助されたセイント14は犯人に「お前はコピーのコピーだ」と言われ動揺していたがオシリスの支えで立ち直り、 自ら進んで犯人の影響を受けないデータを持つ物体=この時間軸のセイントの遺体と自分のデータを融合し犯人の居場所を特定、どちらの自分も本物であることを再確認する。
犯人は残響の力を手に入れコンダクターとなった「マヤ・サンダレッシュ」だった。彼女黄金時代にベックスを研究していた科学者であり、クロビスのエクソ研究に加担、 クロビスを騙して移民船を出発させ海王星にネオムナを建築、ベイルの研究にのめり込んで狂い非人道的な研究の末にベックスネットワークに取り込まれた。 マヤは残響の他者を支配する力を用い人類に第二の黄金時代をもたらすと宣言する。
深部にあるマヤの研究室を調べ彼女の目的が判明する。それは第二の黄金時代ではなく、彼女の妻「チオマ・エシ」だった。 ベックスネットワーク上でチオマを探し尋問、自分の求めるチオマでないと判断したら抹殺していた。 主人公は本物のチオマを特定し愚行を辞めるよう説得させようとしたが、本物はすでに抹殺されていた。
再会したマヤの残響は生身の人間を支配するほど強化されていた。真実をマヤに告げたがマヤは受け入れず、 イコラ・セイント14の抵抗を受けレディオラリアの海へと逃走した。しかし彼女に心情の変化があったのか、ベックスの異常行動は減少した。
長らく行方不明だったスコーンのトップ・フィクルルが残響を手に入れ「エリクスニーを生きたままスコーンへと変える力」を使いハウス・オブ・サルベーションを襲撃した。 そこにサルベーションと敵対していたはずのバンガードが駆けつけサルベーションの救助を開始、サルベーションのケル・エラミスは同胞の安全と引き換えにバンガードに投降した。 ミスラックスは暗黒に精神を汚染され病に倒れ、自分に代わりスコーンの脅威に立ち向かうようガーディアンに依頼し伝説の戦士の称号「スレイヤー・バロン」を与えた。
フィクルルはエルダーズプリズンに向かい、かつて自分を虐げたケル・スコラスを手下として蘇らせた。 その時、残響がエリクスニーの故郷リースの歌「大嵐の哀歌」を歌ったことで、彼が自分に相応しい使い手=民を束ねる指導者を求めていると判明。 エイドは残響の謎を解くためエラミスの脱獄に手を貸し、フィクルル追跡への協力を求める。
エイドはエリクスニーの黄金時代の薬学を再現しミスラックスを治療しようとしたが成果は思わしくなかった。 ガーディアンがその薬学に詳しい薬剤師をフィクルルから救出、エイドは治療薬を完成させたがミスラックスの症状は悪化の一途を辿る。
ガーディアンはエイドの作った「スコーンをエリクスニーに戻す薬」を使ってフィクルルから不死性を奪い殺害することに成功する。 フィクルルの残した残響を巡り、暗黒に堕ち正気を失ったミスラックスと、それを止めようとするエラミスが対峙する。 残響は自らの意思でエラミスを選び、エラミスは残響の力でミスラックスの暗黒を浄化した。 ミスラックスは正気を取り戻して正式にケル王となり、エラミスは残響の望みを叶えリースを蘇らせるため太陽系外へと旅立つ準備(船泥棒)を初めた。
余談:登場エリクスニーの多くが自称「伝説のケル王」である(スコラス、バリクス、エラミス、ミスラックス、フィクルル)。
オリックスが死んで以来彼の玉座の世界「ドレッドノート」は沈黙していたが、 それが突如活動し再開し各地に反覆の錨を打ち込み亜空間で飲み込み始める。 エリス・放浪者・ガーディアンが調査に向かったが宿られたドレッドに襲われエリスが落命する。
宿りの汚染に抵抗力のあるスロアンに現地指揮が委ねられ、彼女はガーディアンに宿りを制御し武器として利用する技術を伝授する。 これを用いてドレッドノートを探索し反覆の錨を止めることに成功したが、そこに現れたのは残響だった。 誘導者の残響はオリックスの記憶のコピーであり、宿られた兵を指揮、主を失ったドレッドたちも残響に協力していた。
エリスの声がドレッドノート内で聞こえ、彼女が以前ごく短時間だけハイヴ神になった際に「玉座の世界」を得て不死となっていたと判明、 亜空間と現実の境界おも切るオリックスの剣マインドブレイカーを再建しエリスを彼女の玉座の世界から救出する。 エリスは自分の玉座の世界の力で誘導者の残響を捕えその力や知識を利用することを計画、 残響からオリックスを蘇らせようとするサバスン、シヴ・アラスと対峙し三つ巴の争いとなる。
周囲の思惑を他所に誘導者の残響は己の信奉する教義「剣と血の魔術(弱肉強食)」を体現することを望んだ。 オリックスを殺したガーディアンを正当な後継者と認め異論を挟むシヴとサバスンを似非者と非難、 教義に背いてでも兄を蘇らせようとするサバスンとシヴ・アラスを異端と批判し彼女達の企みをガーディアンに暴露して妨害させ、 敗者なのに存続する自分自身すら異端だと切り捨て、自らの意思でガーディアンと戦い破壊されることで教義を守り抜いた。
サバスンは残響がコピーに過ぎないと認識しつつもそれを破壊したガーディアンに激怒し、今後は敵対すると宣言する。
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