シェーダーは武器・アーマー・シップ・ゴーストシェルの色を変更する。前作と違い消耗品扱いとなり、適用された物から取り外して再利用することは出来ない。(上書き・消去は可能) 入手法は様々で手に入る数が限られる物もあるが、一度でも入手したシェーダーはコレクションから幾つでも再取得可能になる。ただしコストが掛かる↓
ゲーム内では見た目が変わるだけで、性能には何ら差がない。
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