シェーダーは武器・アーマー・シップ・ゴーストシェルの色を変更する。前作と違い消耗品扱いとなり、一度使うと外すことは出来ない。 入手は主にレベルカンスト後に経験値を貯めると貰えるブライトダストから。
ゲーム内では見た目が変わるだけで、性能には何ら差がない。
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