シェーダーは武器・アーマー・シップ・ゴーストシェルの色を変更する。前作と違い消耗品扱いとなり、一度使うと外すことは出来ない。 入手法は様々で、入手数が限られる物もあるが、一度でも入手したシェーダーはコレクションからいくつでも再取得可能になる。(要コスト)
ゲーム内では見た目が変わるだけで、性能には何ら差がない。
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